La Universidad Nacional del Este fue creada por la Ley N.º 250 del 22 de octubre de 1993, concretando la aspiración de la comunidad del Alto Paraná de contar con una universidad pública en la zona de las Tres Fronteras y ampliar el acceso a la educación superior sin que los jóvenes tuvieran que abandonar la región.

Para llevar a la práctica lo establecido por la ley se conformó una Comisión Coordinadora, integrada por el Dr. Gilberto Ruíz Carvallo, representante de la Facultad de Ciencias Económicas y coordinador; el Ing. Gerónimo Laviosa, por la Facultad de Ingeniería Agronómica; el Lic. Genaro Bogado Román, por la Facultad de Filosofía; y el Lic. Daniel Brítez, por la Facultad Politécnica. La comisión contó además con asistencia jurídica, académica y administrativa.

La nueva universidad se organizó inicialmente sobre las cuatro filiales de la Universidad Nacional de Asunción existentes en el departamento: Ciencias Agrarias, Ciencias Económicas, Filosofía y Politécnica. Durante el proceso se eligieron representantes de los distintos estamentos, se conformaron los Consejos Directivos y posteriormente fueron electos los decanos y vicedecanos.

El Consejo Superior Universitario había celebrado su primera sesión el 22 de junio de 1994. A partir de entonces, la Universidad inició un proceso progresivo de consolidación institucional, ampliación de su estructura académica, creación de nuevas unidades y habilitación de carreras, acompañando el crecimiento de la educación superior pública en el Este del país.

En el periodo 2000–2005, la Asamblea Universitaria volvió a elegir al Dr. Gilberto Ruíz Carvallo como Rector y al Lic. Víctor Alfredo Brítez Chamorro como Vicerrector. Con el paso de los años, el Consejo Superior Universitario continuó desarrollando la normativa y la organización necesarias para el funcionamiento y expansión de la Universidad Nacional del Este.